A continuación se describen las principales características de las áreas que la conforman.
Zona de amortiguación
Este concepto ha sido definido e implementado por el Ministerio de Ambiente, Vivienda y Desarrollo Territorial a través del Sistema de Parques Nacionales Naturales. De acuerdo con el decreto 1100 del 6 de mayo de 2003, la zona amortiguadora corresponde a las áreas en donde "se atenúan las perturbaciones causadas por la actividad humana en las zonas circunvecinas a las distintas áreas del Sistema de Parques Nacionales Naturales, con el fin de impedir que llegue a causar disturbios o alteraciones en la ecología o en la vida silvestre de estas áreas".
Para el caso del humedal Juan Amarillo, la zona de amortiguación está conformada por tres tipos de áreas satélite que cumplen funciones diferentes, así:
1. Parques de recreación pasiva y zonas verdes colindantes con el humedal: Estas áreas cumplen la función de barrera entre la matriz urbana y el humedal, minimizando las alteraciones ocasionadas por las construcciones cercanas y por el ruido. En los lugares donde existen estas áreas (particularmente en el sector colindante con la Ciudadela Colsubsidio), la fauna silvestre utiliza con mayor frecuencia las zonas de ronda y de manejo y preservación ambiental.
2. Parques de recreación activa no colindante con el humedal: Estas áreas ofrecen a los habitantes de sectores aledaños al humedal Juan Amarillo espacios para la recreación, disminuyendo así uno de los usos indebidos que la población humana realiza sobre
3. Humedal Córdoba: Este humedal está funcionalmente relacionado con el humedal Juan Amarillo y hace parte del mismo sistema biofísico. Su principal función de amortiguación consiste en la retención de gran parte de los sedimentos de la subcuenca del humedal de Córdoba que hace de la cuenca de Río Juan Amarillo.
- Zona armonizadora
Teniendo en cuenta que para lograr la restauración del humedal es necesario el sistema humedal - comunidad, esta zona constituye el elemento integrador entre el ecosistema, el entorno urbano y la estructura ecológica principal. Se han diferenciado dos tipologías diferentes dentro de esta categoría:
1. Zona armonizadora extensiva del valor del ecosistema: Como su nombre lo indica, esta zona corresponde a las franjas de suelo en torno al humedal, que sin hacer parte del ecosistema, favorece el mantenimiento de los valores del mismo. La conforman los cerros de Suba, los humedales de Jaboque, Córdoba, Santa Maria del lago, El Club los Lagartos y la Ronda hidraúlica y Zona de manejo y preservación ambiental del río Bogotá.
Humedal Santa Maria del Lago
2. Zona armonizadora para la integración del humedal con la ciudad: Como su nombre lo indica, esta zona corresponde a las franjas de suelo en torno al humedal, en el ámbito urbano, que sin hacer parte del ecosistema, precisan de actuaciones concordantes con éste para su integración armónica con la ciudad. La conforman los parques de recreación activa colindantes con el humedal y los parques vecinales y de bolsillo no colindantes con el humedal que pertenecen al área de influencia indirecta.
Zona de recuperación ecológica
Corresponde a las áreas que en la actualidad se encuentran seriamente perturbadas y han perdido prácticamente la totalidad de sus funciones dentro del ecosistema natural. Estos sectores corresponden al sector sur del brazo y la mayor parte del tercio medio del humedal.











